Нагато родился в Селении Скрытого Дождя и остался сиротой — родителей на глазах мальчика по ошибке убили ниндзя Конохи. В этот момент у него пробудилось одно из трёх великих додзюцу — риннэган. В ярости Нагато уничтожил убийц, однако придя в себя не понимал, что случилось и убежал из дома. Голодным бродя по разрушенной стране Дождя он встретил девочку по имени Конан, которая отвела его в убежище, где, кроме неё, также был другой мальчик по имени Яхико. Все трое были сиротами.

Спустя некоторое время дети наткнулись на Легендарную троицу: Цунадэ, Дзирайю и Оротимару, последний из которых предложил убить детей, как он утверждал, для их же блага. Однако Дзирайя вступился за них и решил обучить детей искусству синоби. Нагато долгое время не показывал особых талантов, пока в один прекрасный момент он, защищая Яхико, не убил ниндзя из деревни Скрытого Камня. Дзирайя тогда впервые увидел у мальчика легендарный риннэган, что дало ему повод думать, будто бы Нагато и есть «ребёнок из пророчества», который, согласно предсказанию мудреца жаб, произведёт невероятные изменения в мире ниндзя. Спустя три года, Дзирайя закончил обучение детей и оставил их.

После гибели Яхико в одном из сражений Нагато убил виновного в его смерти Хандзо Саламандру, бывшего руководителя Селения Дождя и занял его место. Затем, будучи доверенным лицом Тоби, стал формальным лидером Акацуки. В отношениях с жителями Селения Дождя он показал себя как спокойный и уравновешенный руководитель, относясь к ним скорее как к детям, однако не прощал ошибок. В деревне его считали Богом, в то время как Конан — «Божьим Ангелом».

Спустя несколько лет, после того как Конан обнаружила пробравшегося в селение Дзирайю, Пэйн убил своего бывшего учителя и вместе с «Божьим Ангелом» отправился в Коноху с целью захвата Наруто и живущего внутри него бидзю. В результате отчаянного боя с телами Пэйна в числе прочего погибают Какаси Хатакэ и Сидзунэ; Цунадэ впадает в кому. На месте сражения появляется Наруто, проходивший обучение Режиму Отшельника у мудрых жаб и лишь случайно узнавший о серьёзном бое. Выученные техники позволяют ему уничтожить шесть тел Пэйна и найти укрывающихся Нагато и Конан.

Нагато предстал перед Наруто очень худым человеком, все его кости были видны. Спина и руки подключены к передатчикам чакры. После разговора с ним и Конан выясняется, что Нагато всего лишь искал мира, переняв идеи Дзирайи, но после смерти Яхико его вера во взаимопонимание людей ослабла и он воспользовался идеей Дзирайи о необходимости показать людям ту же боль, прежде чем они начнут понимать друг друга. Яхико уже в виде одного из тел Пэйна помогал ему в этом. Нагато стал нести боль в этот мир, надеясь, что когда-нибудь эта боль остановит желание начинать войны. Но тем самым он создавал «цепи ненависти», которые в своё время обещал Дзирайе разорвать. Воля Наруто не поддаваться ненависти и напоминание о данном обещании заставили Нагато вспомнить собственные мечты детства, которые по иронии судьбы передались Наруто. Нагато признаёт, что хотя в своё время у него не хватило сил поверить в себя самого и поверить в Дзирайю, он может поверить в Наруто, и что именно Наруто должен продолжить поиски мира за него. Нагато, измотанный долгим сражением, ценой собственной жизни использует сложнейшую технику и оживляет всех погибших во время его нападения на Коноху.

Наряду с другими погибшими членами Акацуки, душа Нагато была призвана Кабуто с целью использования в войне против альянса синоби.[12